因應澳門工業的發展，和增強澳門製造業對全球出口的機會以及改善出口情況，早在一九六一年，出口商已存在組織一個商會的構想。當1964年大西洋銀行公佈調整士姑度與澳門幣匯率之改變時，進一步加速成立一個能為澳門出口業利益發表立場的合法組織。一九六五年一月七日，由廿五間商行聯合一致通過組織出口商會，並成立籌備委員會。翌日，籌委會開會通過正式定名該組織為『澳門出口商會』，臨時辦事處設在利斯大廈二零一室（即現今澳門旅遊服務中心）。
一九六五年二月二十八日舉行了第一次澳門出口商大會，並於一九六五年七月十日，正式公佈會章。同年八月十九日，澳門出口商會正式成立。
至八十年代初期，本會將會址遷往新馬路三十二號大豐銀行大廈一零零一至一零零二室，一九九零年本會再遷往自置物業的中央商業中心三樓處辦公，並於一九九零年三月三十日週年會員大會通過修改會章及通過改名為『澳門出入口商會』，接納入口商為會員，以便擴闊本會的服務範圍。
本會歷屆領導者均秉持本會的精神和宗旨為會員服務、克服經濟發展上的困難。本會委派代表參與草擬有關法律和規則的草案，同時對澳門經濟發展提供意見，並有代表參與澳門立法會、澳門經濟委員會和澳門諮詢委員會，因而有更大機會與政府直接溝通。在推廣澳門的出口和貿易情況方面，本會組織貿易代表團到中國和海外，又為海外來訪的貿易團組織商務洽談會。內務方面，本會寄發會員每月資訊及貿易資訊。自一九八三年，本會出版貿易指南，希望藉此能加強澳門貿易渠道。
一九九五年六月十日本會榮獲澳門總督韋奇立將軍頒給本會工商業功績勳章。
